Požiadavka na vznik nemocničnej epidemiológie v Slovenskej republike sa datuje do začiatku (desiate roky) 21. storočia. V tomto čase Rada Európy odporučila posilňovať bezpečnosť pacienta a prevenciu a kontrolu infekcií na úrovni zariadení zdravotnej starostlivosti štátov EÚ. ECDC vydalo technický dokument, ktorý definoval kompetencie zdravotníkov – profesionálov v oblasti nemocničnej epidemiológie a hygieny. Ministerstvo zdravotníctva Slovenskej republiky uverejnilo požiadavku na zamestnávanie epidemiológa vo Výnose o minimálnych požiadavkách na personálne zabezpečenie zdravotníckych zariadení. V tejto súvislosti a pod tlakom zdravotných poisťovní, ktoré prijali hlásenie nozokomiálnych nákaz ako indikátor kvality hodnotenia poskytovanej zdravotnej starostlivosti, osvietení riaditelia nemocníc začali zamestnávať epidemiológov. Títo si museli obhajovať svoje postavenie v nemocniciach. Každý z nich používal nielen svoje odborné poznatky, ale aj diplomatické schopnosti a pružnosť (prispôsobivosť) systému organizácie zdravotníckeho zariadenia. Vznikali rôzne útvary ako oddelenia hygienickej služby, nemocničnej epidemiológie a kombinované oddelenia s centrálnou sterilizáciou a pracovnou zdravotnou službou.
Nakoľko postavenie epidemiológa a hygienika bolo nejednotné prirodzene vznikla požiadavka na zjednotenie úsilia a vytvorenia odbornej platformy na jednotné riešenie problematiky nozokomiálnych nákaz v ústavnej zdravotnej starostlivosti. Pracovná skupina tvorená nemocničnými epidemiológmi vznikla v úzkej spolupráci s profesorkou Krištúfkovou v roku 2013. Jej cieľom bolo hľadať spôsob začlenenia nemocničného epidemiológa a jeho tímu do štruktúry ústavného zariadenia, pripraviť podklady ku kompetenciám a požiadavky na vzdelávanie členov tímu.
Po počiatočných rozpakoch sa vytvoril prípravný výbor na vznik sekcie, ktorý bol zložený nielen z odborníkov pracujúcich v nemocniciach, ale aj v úradoch verejného zdravotníctva. Tento po súhlase Výboru SEVS pripravil podklady a žiadosť o schválenie návrhu na vznik Sekcie nemocničnej a epidemiológie a hygieny pri SEVS. Prezídium Slovenskej lekárskej komory dňa 18.09.2018 návrh schválilo. Voľby do výboru a dozornej rady sa uskutočnili v apríli 2019.
V roku 2019 bola prijatá aj Koncepcia odbornej činnosti na prevenciu a kontrolu nozokomiálnych nákaz, ktorá bola publikovaná vo Vestníku MZ čiastka 4-8 dňa 15. februára 2019.